Ngành nuôi trồng thủy sản có sử dụng cá hồi nuôi thông thường chủ yếu là cá hồi Đại Tây Dương, nuôi loài cá này trong lưới quây. Tại Bắc Mỹ, ngành nuôi cá hồi thực hiện chủ yếu ở các vùng nước ven biển ngoài khơi tiểu bang Washington, British Columbia, và Maine. Tuy nhiên, đơn gửi FDA đề nghị chấp thuận cá hồi AquAdvantage trong các khu vực nuôi bể ở trên đất liền mà không dính dáng gì đến đại dương[6].

Các nhà phê bình lo ngại về tác động môi trường, nếu những cá thoát ra các con sông hoặc đại dương. Các kịch bản xâm lấn mô hình hóa trong môi trường bán tự nhiên cho rằng cá hồi biến đổi gene sẽ cạnh tranh vượt trội cá hồi hoang dã[7][8][9][10]. Tuy nhiên, các nhà nghiên cứu đã phát triển giả thuyết "gen Trojan" thường được các nhà phê bình loài cá hồi này trích dẫn cho rằng đã làm giảm kịch bản này, ghi nhận "tội lỗi của thiếu sót" của họ và mô tả nó như một "huyền thoại đô thị"[11].

Whole Foods, Trader Joe's, Aldi, và các cửa hàng tạp hóa khác trên khắp nước Mỹ đã công bố rằng họ sẽ không cung cấp AquAdvantage[12].

Trong môi trường mới

Cá có thể học cách ăn con mồi mới sau khi rời khỏi môi trường sản xuất giống. Những sự thích nghi này có thể đặt ra rủi ro nếu cá hồi biến đổi gene đã được thả vào tự nhiên[13]. Cá hồi biến đổi gene có khả năng tồn tại lâu gấp đôi như mẫu vật hoang dã[cần dẫn nguồn]. Khả năng cá hồi biến đổi gene để phát triển nhanh hơn không nhất thiết có nghĩa là chúng bị ưu tiên săn mồi, và điều này dẫn đến tăng tỷ lệ sống[Còn mơ hồ – thảo luận]. Trong một kịch bản cạnh tranh, chẳng hạn là thả một con cá biến đổi gene từ một trang trại cá hồi vào trong môi trường hoang dã, cá hồi biến đổi gene ban đầu có thể cạnh tranh hơn hẳn cá hồi hoang dã về thức ăn. Thành công này sẽ cho phép sống sót cao cá hồi của biến đổi gene[7][13].

Tốc độ tăng trưởng

Cá biến đổi gene có tiềm năng để nuôi hiệu quả hơn so với cá hồi hoang dại. Điều này dẫn đến một tỷ lệ tăng trưởng nhanh trong năm đầu tiên sau khi nở. Những con cá này có khả năng tăng trưởng nhanh hơn so với loại cá hồi hoang dã-11 lần. Đặc điểm này cho phép GM cá hồi để trưởng thành nhanh hơn và cung cấp cho họ khả năng để tái sản sinh ít hơn hai năm[14][7]. Sự tăng trưởng nhanh hơn này có nghĩa rằng cá hồi biến đổi gene có thể sinh sản với tốc độ nhanh hơn nhiều so với cá hồi hoang dã[14].

Smoltification

Smoltification là quá trình thích nghi của cá hồi nước ngọt từ nước biển. Cá hồi biến đổi gene có khả năng có thể đạt được kích thước smolt chỉ trong một năm. Điều này có thể cho phép cá biến đổi gene tiếp cận với đại dương nhanh hơn. Khả năng tiếp cận với đại dương đầu tiên có thể cho phép GM cá hồi để tiếp cận lương thực nhiều hơn với ít sự cạnh tranh từ hoang dại cá hồ[8].

Tính chất gây dị ứng

Cá là một trong những loại thực phẩm mà FDA được pháp luật yêu cầu phải xem xét đặc biệt, liên quan đến dị ứng[3]:97. Là một phần của quá trình điều tiết, FDA yêu cầu dữ liệu về thay đổi xảy ra trong các loại hay mức độ cá chất gây dị ứng (ví dụ như parvalbumin) trong AquAdvantage. FDA xem xét dữ liệu từ các công ty và kết luận, "Tác dụng gây dị ứng của cá hồi tam bội không khác đáng kể so với loài cá hồi lưỡng bội có kiểm soát." "[3]:104.

Khả năng bơi

Cá hồi biến đổi gene thiếu khả năng bơi so với cá hồi hoang dã[14][8][9][15]. Mẫu vật AquAdvantage tiêu thụ nhiều năng lượng hơn khi bơi hơn hoang dại cá hồi. Điều này rất có thể là do các loại sợi cơ. Sợi cơ cá hồi biến đổi gene có đường kính nhỏ hơn so với cá hồi hoang dại. Lực cơ bắp cụ thể có thể tạo ra là tỷ lệ thuận với đường kính của các cơ bắp, và có đường kính nhỏ hơn cơ bắp, GM sản xuất cá hồi ít lực lượng hơn so với các đối tác hoang dại của chúng[15].

Cạnh tranh sinh sản

Theo mô hình mô phỏng, cả hai cá hồi con tự lập sau khi sinh và bơi ngược sông cá hồi đực biến đổi gene thiếu khả năng sinh sản thành công và có số lượng suy giảm còn sống sót của cá hồi con. Cá hồi biến đổi gen thiếu sự thành công thụ tinh có thể được quy cho sự trung thành địa điểm sinh sản, tần số rung, và sự tham gia của trứng[8]. Trong môi trường cạnh tranh mô phỏng, 94% các dòng khác nhau xảy ra bởi hoang dại cá hồi, trong khi chỉ có 5,4% là do cá hồi biến đổi gen [14]. Lợi thế này cho phép nhiều hơn hai lần như nhiều hoang dại con cái để được sản xuất[14]. Các đặc tính khác mà có thể gây hoang dại con đực để được lựa chọn thường xuyên hơn có thể là thiếu sự tăng trưởng của các kype, hàm móc của cá đực, và màu đỏ ở cá đực bơi ngược sông, trong đó chứng tỏ sự trưởng thành tình dục với cá cái.

Sử dụng phân tích in vitro, cá hồi biến đổi gene xuất ra tinh dịch ít đậm đặc hơn nhiều và có số lượng tinh trùng thấp hơn và tốc của tinh trùng giảm, tất cả đều có thể làm giảm sự thụ tinh thành công GM hồi của Bản mẫu:SFN

Giải pháp

AquaBounty giải quyết những mối quan tâm bằng cách nuôi dưỡng con cái sinh sản và không có khả năng. Bỏ trốn không thể tái tạo hoặc tự nhiên hoặc bằng cách giao phối với loài hoang dã, bởi vì họ là tất cả tam bội[16]. Công ty có kế hoạch cung cấp cho nông dân với cá hơn là trứng[17].